根据《刑法》第165、166条的规定，非法经营同类营业罪，是指国有公司、企业的董事、经理利用职务便利，自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业，获取非法利益，数额巨大的行为；为亲友非法牟利罪，是指国有公司、企业、事业单位的工作人员，利用职务便利，将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行经营，或者与亲友经营管理的单位发生明显有利于对方的购销活动，使国家利益遭受重大损失的行为。
两者虽在主体及客观方面存在一定的共同之处，但通常情况下，两者间的界限还是较为明确的。只有在“为他人经营”与“将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行经营”方面，在认定上存在一定的难度。
经研究最高人民法院的裁判观点，我们发现，对二者进行区分，主要把握以下两个关键：
第一，非法经营同类营业罪要求行为人有具体的经营活动。不管是为自己还是为他人经营，经营行为的本质都要求行为人有积极的作为行为，并且这种经营行为必须是利用职务之便；而为亲友非法牟利罪中，行为人虽然也是利用职务之便，将将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行经营，但其本人并不一定参与实施了后续具体的经营行为。
第二，非法经营同类营业罪要求行为人获取非法利益。所获取的非法利益必须与其经营活动具有直接关系，比如，行为人获取的经营利润、经营报酬，而且数额巨大（10万以上）。而为亲友非法牟利罪中，行为人的目的在于为自己的亲友谋取非法利益，虽然也可能从中得到一定的好处/报酬，但该好处/报酬并非直接来源于行为人在本单位的具体经营行为，而是来源于利用职务便利的行为，本质上属于受贿性质。
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