合作合同、合作协议、合伙协议等民事法律关系，并非《合同法》直接调整的民事法律关系，实务中这个问题往往被忽略了。
合同法律关系有契约法律关系和共同法律关系之分。契约关系以双方当事人相互意思表示一致为成立，即有要约，有承诺，合同成立。共同法律关系由多数人对同一内容意思表示合致而成立，一般以开会表决决议的方式形成。
契约关系与共同关系的合同内容是有区别的。契约关系的内容体现的是合同双方的交易，意思表示是对立的，一方的权利是另一方的义务，互相咬合，一方不履行义务直接影响另一方权利的实现，例如，买卖合同关系，一方获得货物，另一方获得金钱。共同关系的内容是合作，为完成共同合同目标，各方密切协作，当事人之间没有相互对待的给付义务，其权利、义务方向是一致的，具有单向性，例如，联营合同关系、投资合作协议。
合作合同属于共同合同关系，发生纠纷应当依据合作合同的基本属性处理，不能简单适用《合同法》。
我国《合同法》规范的主要是契约合同关系，《合同法》对合同基本制度和原则作出了规定，有些原理与共同合同是相同的，可以适用。但契约合同与共同合同法律关系也各自有不同的特点，应当加以区分。例如，针对契约关系，鼓励交易，促进经济流转，对解除合同的限制相对较严。而针对合作合同，由于合作主体需要相互协调与配合，将不愿继续合作的主体捆绑在一起，对合作目标的实现不利，故一般允许合作方提前解约或中途退出合作，但对因其退出造成的损失，退出方应当予以赔偿。
共同合同或者合作合同的规定，散见于其他部门法中，例如，《公司法》《合伙企业法》《中外合资经营企业法》中规定的投资人之间的关系，属于共同合同关系或者合作关系。最高法院《关于审理联营合同纠纷案件若干问题的解答》中规定的联营合同，也属于合作合同，该司法解释第五条第（二）项规定：不符合法律规定或者合同约定的条件而中途退出联营的，退出方应当赔偿由此给联营体造成的经济损失。
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